发现隐秘食物，展示不常见的美食形态，是《秘境》的核心内容。本集所讲述的九种食物，大多只在特定的气候、潮汐等条件下才会出现，拍摄进度也常常因此遭遇各种难题。捕捞肉质鲜美的华子鱼时，正逢初冬零下30摄氏度以下的极寒天气，拍摄时连摄像机镜头都会被冻住，无法调整焦距。广西北海的沙蟹行动极其灵敏，白天难以清晰捕捉画面，摄像师只能在夜晚涨潮前提前蹲守，趴窝两小时不敢移动，才能正好拍到沙蟹出洞。

　　据分集导演之一费佑明透露，这集内容确实涉及不少自然类纪录片题材，需要严密的工作程序，为此，剧组事先进行了大量的前期准备。比如，云南阿佤山的鸡枞只生长在白蚁巢穴之上，为了记录下鸡枞完整的生长过程，导演组必须依靠当地居民和云南大学菌类专家的经验，才能准确找到白蚁巢穴。但即便如此，鸡枞准确的生长时间难以估计，导演组专门扎了帐篷在树林里等了两天，最终还是没能拍到鸡枞破土而出的画面。

　　为达到总导演陈晓卿(微博)“把白蚁巢穴拍出宫殿效果”的要求，导演组专门使用窥镜和皮腔做辅助设备，尽可能在不影响白蚁正常活动的情况下拿到了巢穴内部的影像。不过，为捕捉到华子鱼洄游时水鸟吃鱼的瞬间，导演组拍了接近两小时的素材，能用的镜头也只有几个。“这比《舌尖2》整体150：1的素材成片比还要高了很多，但这一集里我们都是实拍，没有使用素材库里的内容。”另一位分集导演刘硕说。

　　值得一提的是，该集中还将出现城市秘境里的深夜食堂，并选择了香港大排档作为拍摄对象。据刘硕透露，调研时本来选定的是“北京出租车司机的夜宵”，后来却发现如今已很难找到专为这一群体制作食物的场所，后来在美食家蔡澜的推荐下，才选择了香港大排档。