据台湾《中国时报》16日报道，15日上午11时半，大陆“浙岭渔69088”号渔船与台湾的“瑞渔31”号发生绞网纠纷，基隆海巡队获报后前往处理。下午2时，10名海巡队员抵达彭佳屿东北方17海里处，但大陆渔船仅放慢速度，并没有把船停下。5名海巡队员于是带着电棒和警棍跳上大陆渔船，要求船员接受检查。《中国时报》称，船长徐军辉知道自己违反“两岸人民关系条例”，若跟随海巡队员回台必定受罚，于是下令8名船员紧闭门窗，并对5名海巡队员表示自己不愿接受检查，甚至宣称船只发生故障无法停船，继续往东北方行驶。巡防艇指挥官立即要求其他在巡防艇上的队员尾随这艘大陆渔船，并通过无线电指挥船上5名队员务必将船上9人带回台湾。15日晚上7时半，海巡队特勤队紧急从基隆港出发驰援，谋星舰、新北舰及海军军舰等也抵达彭佳屿东北方40海里处，将大陆渔船团团包围。7名海巡队员带着瓦斯枪及电棒登上大陆渔船，加上原本在船上的5名队员，以12比9的人数优势，压制住包括船长徐军辉在内的9名大陆渔工。

　　《联合晚报》称，16日早上6时，海巡船押着大陆渔工回到基隆。多数渔工面对媒体采访时一言不发，但有媒体问到“为什么挟持我们的人”时，一名40多岁的渔工惊讶地称“我们没有挟持”。“海巡署”官员潘进家称，徐军辉情绪不稳，但渔民并未有肢体反抗行为。据悉，徐军辉等人阻挠登检，已依妨害公务罪侦办。《联合晚报》还称，依“两岸人民关系条例”，100吨以上船只越界，可处以25万元新台币罚款，而该大陆渔船吨位为260吨，最高可罚到5倍。

　　对于这一突发事件，岛内反应克制。台湾陆委会15日晚间称，已就此事透过“两岸共同打击犯罪及司法互助协议”通报机制，及时向陆方通报。《联合报》称，目前台湾拦检越界大陆渔船是依据“两岸人民关系条例”，流程是先向大陆渔船广播，要求停船受检。一般来说，台湾35吨巡防艇配备最少6人，100吨最少8人，配备有手枪、步枪、机关枪和乌兹冲锋枪等武器，火力足够，但为避免挑动两岸敏感关系，队员几乎不敢开火。“中央社”称，他们害怕衍生两岸事件，台湾渔船“广大兴28”号遭菲律宾公务船枪击事件更加深了这种担心。

　　近年来，两岸渔业纠纷不断。2003年10月，台湾马祖海巡队向大陆渔船开枪，导致两名渔民大腿中枪。《联合晚报》称，2006年台湾海巡艇在金门一带拦截登检大陆渔船时，一名分队长被大陆渔民持刀挟持，台方以震撼弹、霰弹枪和催泪瓦斯弹将其制伏。倪永杰16日在接受《环球时报》采访时称，浙江和福建的渔民经常与台湾渔船在同一个渔场捕鱼，产生一些小的摩擦和纠纷也很正常，原来是由两岸红十字会协调解决，后来通过两会机制，但并没有从根本上解决渔业纠纷。他建议两岸应该尽快签署渔业协定：一是建立纠纷处理机制，二是根据大陆人和台湾人各自比较喜欢的鱼种，对渔场进行规划和分工，不要双方出了什么事情就闹起来，伤感情。至于台湾海巡队此次事件的处理是否得当，倪永杰说，它当然是照顾台湾渔民的利益，所以处理方式比较简单，“我觉得动不动就扣人，还是不太好”。