东京电影创立于1964年，主要制作电视动画和基于电视动画的剧场版长篇作品。一批在东映动画(如宫崎骏)或虫制作所历练过的成员，组成了与东京电影紧密相关的一系列公司：A制作所、MAD HOUSE以及电信动画公司。A制作所1977年改组成新荣动画公司后，独立出来成为承包公司，主要作品为《机器猫》。东京电影的特色——基于电视动画的剧场版作品则由电信动画制作，主要作品为宫崎骏导演的《鲁邦三世：卡里奥斯特罗之城》(1979)、高畑勋导演的《阿财》(1981)。此外相当“长寿”的《名侦探柯南》(1996年至今)也是东京电影的作品。
1972年，虫制作所陷入经营危机后，部分成员参与成立创映社，4年后又更名为日升动画。在日升的作品中，巨型机器人题材占据了重要位置。其中，富野喜幸任总导演、安彦良和任人物设计的《机动战士高达》(电视版，1979-1980，剧场版三部曲，1981、1982)等一系列作品，在之后十年间一直处于动画热的核心。作品中独特的人物和世界观，使许多动画迷发出类似“看完作品学会了思考”的感想。如此一来，开始出现动画评论的作者，以及将动画信息制作成商品出售的动画杂志——到1980年代中期已经有七八家月刊。
日升对日本动画造成巨大影响，尤其值得注意的是，它确立了赞助商主导的制作体制。制作塑料玩具机器人等相关商品的公司作为赞助商，影响动画作品的企划，相关商品的销售额在整个动画作品销售额中占很大的比重。
创立于1975年的日本动画，主要活跃在电视动画界，其特色之一是将大量外国文学名著制作成动画。此外，还制作了人气漫画《樱桃小丸子》的动画版(第一期，1990-1992；第二期，1995-)。《樱桃小丸子》动画开播15周年之后，富士电视台还拍摄了真人版电视连续剧庆祝。此外，宫崎骏导演的第一部作品《未来少年柯南》也是在日本动画完成的。
第二次动画热后，日本动画界陷入多元化漩涡，跳出漩涡不断制作高质量作品的，就只有吉卜力工作室。成立于1985年的吉卜力，先后推出宫崎骏的《天空之城》(1986)、《龙猫》(1988)、《红猪》(1992)和高畑勋的《萤火虫之墓》(1988)、《百变狸猫》(1994)，可谓一枝独秀。
宫崎骏最初在东映动画担任动画师，之后辗转了数个制作所。在吉卜力成立前，他改编自己漫画的剧场版动画长片《风之谷》(1984)已大获成功。《电影旬报》将其评为当年十佳影片第7位。《龙猫》不但荣登《电影旬报》十佳影片榜首，更包揽了当年日本国内各电影奖项，奠定了宫崎骏无法撼动的地位。简单地说，他第一个让动画赢得了被视为“电影”的资格。
参与了《机动战士高达》制作的安彦良和曾说，《风之谷》成功后，他异常苦恼，痛切地感觉到“根本不是它的对手”。和宫崎骏那样走在动画正路上的人相比，别人简直就像是在打游击。
有意味的是，看《大和号》、《高达》长大的一代，后来参与制作了《超时空要塞MACROSS》(1982-1983)等超时空系列作品以及《机动战士Z高达》(1985-1986)之后的日升公司作品，对动画界持续产生影响。而受宫崎骏、高畑勋作品触动，尝试去创立“吉卜力第二”，走向独立的人才却出乎意料地少。
第三次动画热：1990年代后半期至今
1996年8月，一个惊人的消息从美国传到日本：在著名的《公告牌》(BILLBOARD)杂志的家庭用录像作品播放排行榜上，日本动画《攻壳机动队》(1995)竟名列榜首。这部押井守导演的作品，和同年问世的《新世纪福音战士》(1995-1996)成为话题动画，激活了日本第三次动画热。
从1980年代前半期开始，日本出现了“原创录像动画”(OVA)，因为成本更低、风险更小，使得制作只面向少数动画迷的作品得以实现。押井守是试水者之一，他用录像制作了原创动画《DALLOS》(1983-1984)、《天使之卵》(1985)。《攻壳机动队》则在警匪片外壳下隐现对人类记忆与意识的深度探讨。
《新世纪福音战士》的独特之处在于，这部动画的制作方GAINAX最初是从大阪的社团开始起步的。1980年代日本开始形成原本作为受众的动画迷在大学社团等组织中进行小规模独立制作的趋势，给动画界的动向也带来了影响。GAINAX正是其中一个典范。随着数码技术普及，甚至一个人制作高品质动画也得以实现。一个突出的例子是，新海诚独立制作的动画短片《星之声》(2002)在小型剧场放映之后成为话题，在一年多时间里DVD销量达到6万张。
与此同时，日本动画在海外普遍流行，成为世界性的大众文化。
早在1963年，《铁臂阿童木》在日本播放不久，就以Astra Boy的片名在美国播放，当时不少美国孩子都有过观看Astra Boy的经历。此后美国持续引进日本动画，但放映前多半作改动，例如剪去暴力镜头。从1970年代开始，欧洲流行播放日本电视动画。据报道，1987年开始在法国播放的《七龙珠》收视率一度高达67%。1980年代初，中国大陆，香港、台湾地区都开始引入日本动画。
从1990年前后开始，日本输出的动画在放映时基本保持原貌，并且观众清楚地意识到这是日本生产的动画。
第三次动画热中，有两个制作所值得关注，一个是I.G工作室。该工作室的前身是1987年龙之子制作所的分部独立出来后创立的I.G龙之子，之后成功制作了电视、录像、剧场作品。到2003年6月，I.G已经发展到有两百多名从业者。他们以代表作《攻壳机动队》为契机，走上了数码化之路。I.G工作室的代表性导演是押井守。
另一个是由吉卜力的几名成员发起的STUDIO 4℃。他们制作的不是电视动画，而是以新歌促销录像带和广告片为中心的作品，此外也制作了极富个性的剧场版作品。STUDIO 4℃导演森本晃司在欧洲知名度已经接近宫崎骏。
当然，最具标志性意义的还是宫崎骏导演的《千与千寻》(2001)，同时拿下柏林电影节金熊奖和奥斯卡最佳动画长片，再次证明最好的动画也可以是最好的电影。
