就在院士、专家为转基因作物正名的同时，也有组织称，转基因水稻一旦在中国商业化而大面积种植，通过基因漂移作用，将对我国野生水稻品种带来灭顶之灾，而食用转基因大米对人体的影响目前也是尚无定论。此前受到社会关注的黄金大米人体试验事件是转基因食品公信力上的“一朵乌云”。

　　对“黄金大米”事件，农业转基因生物安全委员会表态，问题出在试验程序不合法，既没有经过农业部的转基因产品实验安全评价，也没有经过人体试验必需的伦理委员会批准，而黄金大米本身是安全的。

　　另一个在网络上流传的说法则是，“我国对转基因的态度还不明确”。实际上，我国政府对于转基因技术的态度是非常明确的十六个字：加快研究、推进应用、规范管理、科学发展。在我国，大力推进转基因技术与产业发展是国家战略。

　　按照《中华人民共和国政府信息公开条例》，农业部已经通过官方网站上“热点专题”的“转基因权威关注”栏目，主动公开了农业转基因生物相关法律、法规，安全评价标准、指南、转基因生物安全审批结果及相关安全评价资料，包括审批项目名称、编号、研发单位及有效期等内容的审批清单，也包括了转基因安全委员会工作规则、委员名单，并依照公众申请，按照国际惯例依法公开了安全评价的结果及相关资料。

　　截至目前，我国共批准发放7种作物安全证书，分别是耐储存番茄、抗虫棉花、改变花色矮牵牛、抗病辣椒、抗病番木瓜、转植酸酶玉米和抗虫水稻。国际公认，我国的转基因审批流程比美国更严格。张启发直言，转基因技术商业化步伐的缓慢将是中国的巨大损失。

　　张启发：2009年，我估计产业化至少是四年，今年是2013年，正好是4年，但是今天我觉得跟我们2009年相比，是更远了。无法实现转基因水稻的产业化，我个人认为是错失重大机遇。如果再这样做下去，研发在投入，知识产权的比例也越来越大，但是我们产业老是做不动，这对我国来说非常不利，甚至比那些东西没有做起来还糟糕，花了那么多的钱。