5月27日，在抵达北京仅仅两周后，扬纳基斯便向男篮领队请了假，匆忙奔赴首都机场，登上了飞往法国的班机。而在利摩日只待了不到半天，扬纳基斯又搭乘高铁前往巴黎，在那里启程飞回北京。
如今来去匆匆，只因扬纳基斯双线执教的做法引起了他的俱乐部东家——法国利摩日队的不满。在接受中国篮协递来的合同时，扬纳基斯并没有通知利摩日队，加上上赛季他只率队取得了联赛第13名的成绩，利摩日队的高层正式对扬纳基斯发出了通告，要求扬纳基斯迅速返回法国进行谈判，甚至还扬言可能会解除与扬纳基斯的合同。
回顾过往几任国家队主帅，身兼国家队和俱乐部的双重主教练似乎并不是什么稀罕事，在2005-06年间，作为中国男篮历史上的第二任洋帅，尤纳斯身兼奥林匹亚科斯队的主教练；而在2010-11年间，邓华德在执教中国队的同时，还先后担任上海队以及新疆队的主教练。
因此，男篮领队张雄对此事的态度并不惊讶，“这属于扬纳基斯的私事，他从来没有和我们提过这方面的问题，只要他没有影响执教中国队的工作，我们也不便过问，相信他能够处理好。”
对于扬纳基斯的做法，虽然中国篮协给予了充分的理解以及自由度，但在法国，扬纳基斯所面临的气氛，却并不友好。
由于扬纳基斯在合同规定的假期开始前3天便动身前往中国，法国媒体认为，扬纳基斯的做法并不符合契约精神。面对这层质疑，扬纳基斯回答说：“这涉及到具体的合同细节，不是一句话两句话所能说清楚的，此前我和我的队员们交流过，他们都没有什么意见。”
在执教利摩日队之前，扬纳基斯从未离开过希腊进行执教，因此并不存在两地执教的问题，如今，距离成为扬纳基斯最大的障碍，法国媒体顺势发问道：“你人在中国，却要打造一支法国球队，这是不是有点儿困难？你已经开始准备下赛季了吗？”
面对如此犀利的问题，扬纳基斯却显得非常自信，“我早已开始为下赛季进行准备了，我已经与俱乐部的高层就如何组队的问题进行了充分的交流。所以，即便我在另一个城市，这也不会阻碍我打造我的球队。”
今年的亚锦赛决赛将在8月13日打响，而法国联赛的准备期将于8月16日开始，因此如果中国队进入今年亚锦赛的决赛，留给扬纳基斯倒时差、切换身份的时间不过3天，这将大大考验扬纳基斯的应变能力。
虽然与利摩日队之间的合同纠纷悬而未决，精神饱满的扬纳基斯似乎并没有受到这个小插曲的影响，在出发前往澳大利亚前，他淡定地表示，“同时执教两支球队，这对我来说，又不是第一次了，我觉得这并没有什么问题。当我在中国队时，我便会专心做好中国男篮的工作，等这边工作结束了，我再回法甲球队进行工作。”
双线执教欧洲常态
在欧洲篮坛，同时执教国家队以及俱乐部并不是一件罕见的事，在2011-12年间，不少欧洲教练都身兼两职。
教练国家队俱乐部
雷佩沙克罗地亚马拉加(西班牙)
卡利特法国维勒班(法国)
佩施奇德国拜仁慕尼黑(德国)
佐罗斯希腊埃菲斯(土耳其)
施维克以色列蒙斯海纳特(比利时)
凯姆祖拉立陶宛格迪尼亚(波兰)
斯卡里奥罗西班牙米兰奥林匹亚(意大利)
马里科维奇斯洛文尼亚萨格勒布(克罗地亚)
芬奇英国火箭(助教；美国)
