市场人士指出，上述看似合理的商业运作模式，实际存在两大弊端。
其一，同为国资背景，在当地原料资源紧张的情况下，仁怀收储几乎掌握了自己的命脉，贵州茅台无法对仁怀收储实行有效监管。因此，原料的质检和来源均无法做到较真、公开和透明。
其二，长期的利益结盟，导致双方针对原料种植过程中昭然若揭的违规种植和农药残留均视而不见，严重损害了消费者利益。而对本地“非有机原料”的高价收购，实为与当地酒企争夺酿酒资源，涉嫌价格垄断和不正当竞争。
而在仁怀当地，人们对两家公司之间的裙带关系耳熟能详。
据仁怀收储内部员工透露，公司每次找茅台集团拿酒时，均以红头文件形式对接，通过茅台的高管直接审批，其飞天茅台的出厂价被压低至700元左右/瓶，而每逢节假日，还以无包装的形式直接派送茅台酒。
而且，茅台集团多位中层向记者证实，仁怀收储400多名员工中就有近一半家属在茅台公司上班，有的还处在关键岗位。“总经理王建华的儿子，副总赵福舜的儿子和儿媳，都在茅台上班任职。”
而且，这种管理之弊，还体现在对30万亩种植基地的有机肥垄断上。
记者调查发现，为30万亩基地提供有机肥的公司贵州琨恩生物，实为贵州茅台子公司，董事长为陈治丽，该公司的有机肥是以茅台酒糟为主原料配以少量氮磷钾而得，从2005年开始向基地专供，并在2008年扩大产能至1.8万吨。知情人透露：“一直宣称经过了南京国环有机认证，实质只是有机评估，负责人杨明开要求从2013年不准再提有机认证。”
更有知情者披露，因为贵州茅台复杂的裙带关系和管理体制使然，即使在茅台集团总部戒备森严的酿酒、酒库和包装车间内，也经常会有内部员工带熟人朋友潜入其中开怀畅饮。
一位当地人士告诉记者，他经常被带到酒库里喝酒：“我们自己带卤菜进到老包装车间，都是喝50年的茅台，味道很醇入口很绵，就算喝半斤也不会口干上头。”
而另一位茅台中层则向记者炫耀：“以前我管酒库，每次带朋友过去都能喝30年、50年的茅台酒，喝半斤八两都没问题，管够。”
